Podstawowe znaczenie dla trwałości zbiorów mają odpowiednie warunki ich przechowywania. Zapewnienie niezmiennych parametrów wilgotności i temperatury (50% wilgotności względnej i 18-20ºC), ograniczenie dostępu światła, konsekwentne przestrzeganie ustalonych zasad magazynowania i udostępniania, okresowe przeglądy stanu zachowania, dezynfekcje bieżące oraz dezynfekcje nowych nabytków, pozwalają utrzymać optymalny poziom dbałości o całość zgromadzonych u nas zbiorów. Wszystkie magazyny Książnicy Cieszyńskiej obsługiwane są przez klimatyzację centralną, a czytelnie i większość pracowni przez klimatyzatory indywidualne, osuszacze i nawilżacze. Wilgotność i temperatura kontrolowane są przez termohigrografy.

Nowoczesne magazyny kompaktowe pozwalają na ekonomiczne wykorzystanie przestrzeni magazynowej przy zachowaniu wszystkich koniecznych wymogów związanych z przechowywaniem zbiorów zabytkowych. Na podobne regały czekają jeszcze 2 nasze magazyny.

Najcenniejszy księgozbiór księdza Leopolda Jana Szersznika wrócił na oryginalne XIX-wieczne regały, które poddane zostały renowacji.

Obok obwolut ochronnych niektóre kategorie zbiorów umieszczane są w specjalnych pudłach wykonanych z tektury bezkwasowej.

Dezynfekcje przeprowadzane są w komorze gazowej lub przy pomocy przekładek nasyconych substancją toksyczną.

Obok nowoczesnych sposobów zabezpieczających zbiory, wykorzystywane są tradycyjne, proste metody naturalne jak np. woreczki z ziołami odstraszającymi swym zapachem owady żerujące w książkach.